פורום ארגוני השלום הפלסטיני-ישראלי הוקם בהתבסס על שיתופי פעולה קודמים שהתקיימו בין ארגונים פלסטיניים וישראלים, אשר לרוב נשאו אופי אד הוקי. הפורום הוקם מתוך שאיפה ליצור פלטפורמת עבודה משותפת אשר תשפר את התקשורת הבינ-ארגונית, תיצור זרימה של אינפורמציה, ותעזור לארגונים להתמודד טוב יותר בסביבה פוליטית אשר משתנה תכופות.
הפורום הוקם על רקע המציאות הישראלית-פלסטינית בשנים האחרונות; מאז פרוץ האינתיפאדה לפני כשבע שנים מאופיינת המציאות היומיומית באזור באלימות, בקיפאון ברמת היחסים הדיפלומטיים, ומעבר לכך, גם בתקשורת מועטה בין החברות האזרחיות הפלסטינית והישראלית, ובין האזרחים עצמם. ההתפתחויות האחרונות באזור, ובכללן עליית חמאס לשלטון, משמרות ומגבירות את הפערים בין המנהיגות הממשלתית הישראלית לזו הפלסטינית, ובעצם אף מחריפות את הקיפאון ביחסים בכל הרמות. מצב זה מחזק תפיסות שליליות של ה"אחר", אשר מהוות מכשלה רצינית למאמצי הפיוס בין העמים ברמה האישית והקולקטיבית. אל איפיונים אלה מצטרפת תחושת חוסר ודאות גדולה בקרב שתי החברות באשר לעתידן, ומדיניות הגבלות תנועה אשר מצמצמת משמעותית את היכולת לקיים מפגשים פנים אל פנים בין ישראלים ופלסטינים וכן להוציא לפועל פעילויות של פיוס ודיאלוג עם הצד השני.
המפגש הראשון של ארגוני חברה אזרחית ישראלים ופלסטינים התקיים ב נובמבר 1999 בפינלנד, ונקרא "סמינר הלסינקי להערכת שיתוף פעולה בין חברה אזרחית פלסטינית וישראלית". בסמינר בן היומיים, השתתפו 29 נציגים מארגונים לא ממשלתיים שונים. הסמינר אפשר דיאלוג כנה ושיתוף במידע בין המשתתפים, ונתן הזדמנות לבחינת מצב ארגוני החברה האזרחית ופרויקטי people to people.
בעקבות הצלחת המפגש, התקיים כנס שני ב רומא בנובמבר 2002 , בהשתתפות 36 נציגים פלסטינים וישראלים מארגונים לא ממשלתיים ואורחים בינלאומיים. למותר לציין כי המפגש ברומא שהתקיים לאחר פרוץ האינתיפאדה השנייה (ספטמבר 2002) הביא יחד פלסטינים וישראלים בזמן שמפגשים מסוג זה כמעט ולא התקיימו.
לאחר תקופה אשר התאפיינה במגע מוגבל, ערכו מרכז פנורמה ומרכז פרס לשלום ב נובמבר 2005 כנס בעיר סיביליה אשר בספרד. בכנס השתתפו 35 נציגים מארגוני שלום פלסטינים וישראלים. הכנס כלל דיונים רבים על הפורום העתיד לקום והמשתתפים, משני הצדדים, הביעו את רצונם ונכותנותם לעבוד יחד במסגרת זו במטרה לקדם מטרות משותפות.
בנובמבר 2005 , מרכז פנורמה ומרכז פרס לשלום החלו בשלב ההכנות הסופי בדרך להשקת " פורום ארגוני השלום הפלסטיני ישראלי ". | 
